Conserva la importante colección bibliográfica de Menéndez Pelayo, donada a la ciudad de Santander por el escritor, con unos 41.500 volúmenes, muchos de ellos de gran valor, destacando la famosa Crónica Troyana, de finales del siglo XIII-comienzos del XIV, bellamente iluminado.

El edificio fue proyectado en 1916 por Leonardo Rucabado con destino a la Biblioteca Municipal. Las colecciones son muy ricas en pintura regional.

Este museo inaugurado en el año 1994, se nutre de los fondos articulares donados por el autor a la villa en 1993.

Este museo, dedicado a este gran maestro, trata de acercar el trabajo de la cantería a todos los visitantes, de una forma amena y entretenida; apoyándose, para ello, en mediios audiovisuales e interactívos

Contiene una exposición permanente con más de 70 objetos europeos de tortura desde la Edad Media hasta la época industrial.